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喻航
職稱：研究員、助理教授
研究方向：環(huán)境微生物學
通訊地址：北京大學城市與環(huán)境學院
Email: hyu(a)urban.pku.edu.cn
English Website
教育經歷
2011.09-2017.06，美國加州理工學院（California Institute of Technology），環(huán)境科學與工程，碩士/博士
2006.09-2010.05，加拿大英屬哥倫比亞大學（University of British Columbia），微生物學與免疫學，榮譽學士
科研經歷
2022.12-，北京大學（Peking University），研究員、助理教授
2020.07-2022.06，美國南加州大學（University of Southern California），博士后
2017.08-2020.02，美國加州理工學院（California Institute of Technology），博士后
2010.06-2010.12，美國蒙特利灣水族館研究所（Monterey Bay Aquarium Research Institute），科研助理
2009.01-2009.08，國際遺傳工程的機器設計競賽（International Genetically Engineered Machines iGEM Inaugural Team, UBC），校隊創(chuàng)始核心隊員
博士生導師/方向
環(huán)境微生物學、生物地球化學循環(huán)、微生物生態(tài)學、地質微生物學、定量生物學
碩士生導師/方向
環(huán)境微生物學、生物地球化學循環(huán)、微生物生態(tài)學、地質微生物學、定量生物學
指導學生
? 于佳欣，2023級本科生（專業(yè)：生態(tài)學，北京大學）
? 張綿淏，2022級本科生（專業(yè)：自然地理，北京大學）
? 賴先璐，2022級本科生（專業(yè)：環(huán)境工程，中國農業(yè)大學）
? 傅文錚，2024級碩士生（本科：北京大學）
? 顧家源，2023級碩士生（本科：University of British Columbia）
? 楊嘉怡，2025級博士生（本科：南方科技大學）
? 趙雨婷，2024級博士生（本科：浙江大學）
指導博士后
? 趙曉惠，2024年9月入站（博士：西安理工+北京大學 聯(lián)合培養(yǎng)）
? 劉娜，2024年9月入站（博士：University of California Santa Barbara）
? 李佳彥，2023年11月入站（博士：四川農業(yè)大學）
科研人員
? 蘇雪霞，生物信息學工程師（碩士：北京大學 - 計算機科學）
? 趙小紅，生物信息學工程師（碩士：University of Tennessee - 計算機科學 和 中國科學院動物研究所 - 發(fā)育生物學）
? 黃文，微生物技術員（碩士：天津科技大學 - 生物工程）
? 呂其寧，微生物技術員（碩士：內蒙古大學 - 生物化學與分子生物學）
? 石丹丹，微生物技術員（碩士：北京大學醫(yī)學部 - 免疫學）
? 楊翠云，實驗室主管（博士：中國科學院水生生物研究所 - 環(huán)境科學）
Alumni
? 張少華，博士后，2023年9月—2025年7月
目前招收
? 本科生：歡迎科研實習或拔尖計劃的本科生加入
? 碩士/博士研究生：目前2026年入學招生已結束，歡迎有意申請2027年入學的碩士/博士聯(lián)系
? 博士后：https://postdocs.pku.edu.cn/zpxx/03e0389b28474708ae304cc721953176.htm
? 科研人員（微生物或生物信息學）：北京大學勞動合同制，提供五險一金，待遇面議
期待對環(huán)境微生物學、生物地球化學、微生物生態(tài)學、地質微生物學、合成生物學、生物信息學等研究內容感興趣和有相關背景的同學以及科研工作者加入我們！
研究目標
我們實驗組致力于解析生物地球化學循環(huán)中微生物組群的動態(tài)和功能，了解氣候變化與微生物之間的相互作用，探索并利用微生物的生化反應潛能。
研究方向
1. 微生物群落的動態(tài)變化、種間相互作用與共生機制；
2. 溫室氣體甲烷和金屬錳的微生物代謝過程與能量利用機理；
3. 微生物暗物質的功能解析以及AI在微生物學研究中的應用。
研究方法
結合傳統(tǒng)與尖端的微生物實驗技術，如菌種培養(yǎng)、代謝產物分析、同位素示蹤、遺傳與進化分析、高通量測序、合成生物學、電化學、礦物結構分析、熒光與納米二次離子質譜成像等。
野外科考
2025/02：墨脫森林，西藏，中國
2023/08：天然濕地，內蒙古，中國
2018/10：ROC HITS深海考察, R/V Atlantis, 哥斯達黎加
2011, 2016, 2017, 2018：Monterey Canyon近海考察, R/V Western Flyer, 美國
2013, 2014, 2015：美洲大陸地質地貌實習, 美國和墨西哥
2013/03：死亡谷國家公園地質測繪, California, 美國
2013/02：磁地層和化石樣品采集, James Ross Island, 南極
2009, 2010：森林土壤的長期生產力調查, British Columbia, 加拿大
Publications
Full publication list: https://scholar.google.com/citations?hl=en&user=3no8Uy8AAAAJ
(*=corresponding authors)
Yu, H.*, Xu, S., Jangir, Y., Wegener, G., Orphan, V.J.*, and El-Naggar, M.Y.* (2025) Redox conduction facilitates direct interspecies electron transport in anaerobic methanotrophic consortia. Science Advances. eadw4289. https://doi.org/10.1126/sciadv.adw4289
Lyu, X., Yu, H.*, and Lu, Y.* (2025) Diversity and function of soluble heterodisulfide reductases in methane-metabolizing archaea. Microbiology Spectrum. 13(5) e03238-24. https://doi.org/10.1128/spectrum.03238-24
Rodríguez, O., Metcalfe, K.S., McGlynn, S.E., Yu, H., Dekas, A.E., Ellisman, M., Deerinck, T., Grotzinger, J.P., and Orphan, V.J. (2023) Microbially-induced precipitation of silica by anaerobic methane-oxidizing consortia and implications for microbial fossil preservation. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 120 (51) e2302156120. https://doi.org/10.1073/pnas.2302156120
Murali, R., Yu, H., Speth, D.R., Wu, F., Metcalfe, K. S., Crémière, A., Laso-Pèrez, R., Malmstrom, R.R., Goudeau, D., Woyke, T., Hatzenpichler, R., Chadwick, G.L., Connon, S.A., and Orphan, V.J. (2023). Physiological potential and evolutionary trajectories of syntrophic sulfate-reducing bacterial partners of anaerobic methanotrophic archaea. PLoS Biology, 21(9), e3002292. https://doi.org/10.1371/journal.pbio.3002292
Yu, H.*, Speth, D.R., Connon, S.A., Goudeau, D., Malmstrom, R.R., Woyke, T., and Orphan, V.J.* (2022) Community structure and microbial associations in sediment-free methanotrophic enrichment cultures from a marine methane seep. Applied and Environmental Microbiology. e02109-21. https://doi.org/10.1128/aem.02109-21
Heryakusuma, C., Susanti, D., Yu, H., Li, Z., Purwantini, E., Hettich, R.L., Orphan, V.J., and Mukhopadhyay, B. (2022) A reduced F420-dependent nitrite reductase (FNiR) in an anaerobic methanotrophic archaeon. Journal of Bacteriology. e00078-22. https://doi.org/10.1128/jb.00078-22
Yu, H.*, Chadwick, G.L., Lingappa, U.F., and Leadbetter J.R.* (2022) Comparative genomics on cultivated and uncultivated, freshwater and marine “Candidatus Manganitrophaceae” species implies their worldwide reach in manganese chemolithoautotrophy. mBio. 13 (2), e03421-21. https://doi.org/10.1128/mbio.03421-21
Chadwick, G. L., Skennerton, C. T., Laso-Pérez, R., Leu, A. O., Speth, D. R., Yu, H., Morgan-Lang, C., Hatzenpichler, R., Goudeau, D., & Malmstrom, R. (2022). Comparative genomics reveals electron transfer and syntrophic mechanisms differentiating methanotrophic and methanogenic archaea. PLoS Biology 20 (1): e3001508. https://doi.org/10.1371/journal.pbio.3001508
Yu, H., Skennerton, C.T., Chadwick, G.L., Leu, A.O., Aoki, M., Tyson, G.W., and Orphan V.J. (2022) Sulfate differentially stimulates but is not respired by diverse anaerobic methanotrophic archaea. The ISME Journal 16, 168–177. https://doi.org/10.1038/s41396-021-01047-0 (Editors’ Choice)
Yu, H., Leadbetter, J.R. (2020) Bacterial chemolithoautotrophy via manganese oxidation. Nature 583, 453–458. https://doi.org/10.1038/s41586-020-2468-5 (Nature Cover)
Yu, H., Susanti, D., McGlynn, S.E., Skennerton, C.T., Chourey, K., Iyer, R., Scheller, S., Tavormina, P., Hettich, R.L., Mukhopadhyay, B., and Orphan, V.J. (2018) Comparative genomics and proteomic analysis of assimilatory sulfate reduction pathways in anaerobic methanotrophic archaea. Frontiers in Microbiology. 9. https://doi.org/10.3389/fmicb.2018.02917
Scheller, S., Yu, H., Chadwick, G.L., McGlynn, S.E., and Orphan, V.J. (2016) Artificial electron acceptors decouple archaeal methane oxidation from sulfate reduction. Science 351: 703–707. https://doi.org/10.1126/science.aad7154 (Science Perspective)
van Baren, M.J., Bachy, C., Reistetter, E.N., Purvine, S.O., Grimwood, J., Sudek, S., Yu, H., Poirier, C., Deerinck, T.J., Kuo, A., Grigoriev, I.V., Wong, C., Smith, R.D., Callister, S.J., Wei, C., Schmutz, J., and Worden, A.Z. (2016) Evidence-based green algal genomics reveals marine diversity and ancestral characteristics of land plants. BMC Genomics 17: 267. https://doi.org/10.1186/s12864-016-2585-6
Glass, J.B., Yu, H., Steele, J.A., Dawson, K.S., Sun, S., Chourey, K., Pan, C., Hettich, R.L., Orphan, V.J. (2014) Geochemical, metagenomic and metaproteomic insights into trace metal utilization by methane-oxidizing microbial consortia in sulphidic marine sediments. Environmental Microbiology 6, 1592-1611. https://doi.org/10.1111/1462-2920.12314
Hartmann, M., Howes, C.G., VanInsberghe, D., Yu, H., Bachar, D., Christen, R., Nilsson, R.H., Hallam, S.J. and Mohn, W.W. (2012) Significant and persistent impact of timber harvesting on soil microbial communities in Northern coniferous forests. The ISME Journal 6, 2199–2218. https://doi.org/10.1038/ismej.2012.84
Patents
Scheller, S., Orphan, V. J. and Yu, H. (2017). Methane oxidation methods and compositions. United States Patent No. US20170107479A1.
